У копченого перцю чилі до його основного аромату додається характерний димний.

У кулінарії східних та мексиканських країн, копчений перець присутній у багатьох стравах. Додають до рисових, яєчних, овочевих страв, соусів, супів, салатів, маринадів, м'ясних, рибних страв, мариноване оселедець, консерви, хамсу.

Для копченої ковбаси копчений перець використовують для надання пікантної гостроти та смаку. Застосовують його і в лікеро-горілчаній промисловості для виготовлення перцювань і настоянок. Входить до складу деяких сумішей приправ. Відмінно поєднується з каррі, часником, базиліком, лавровим листом, коріандром, чабером.